この渓谷には、「ヤマセミ」や「カワガラス」などの清流にしか生息しない 珍しい鳥類が見られる他、「キセキレイ」や「ヤマガラ」も多く見られます。 魚類では、この辺りで「ハヤ」と呼ばれている「オイカワ」や、 「カワムツ」の他に、「ウグイ」や「カワヨシノボリ」が多く見られます。
両生類では美しい声でなく「カジカガエル」や、特別天然記念物 「オオサンショウウオ」も生息しています。
また、この周辺には野生のサルも生息しており、「ゴイシジミ」などの 珍しい蝶もみることができます。